POP3 знает ровно одну папку — входящие. Ни отправленных, ни черновиков, ни ваших пользовательских папок в нём не существует: протокол их просто не показывает.
Он не хранит статус письма на сервере. Прочитано, отвечено, помечено флагом — всё это остаётся в клиенте, а не в ящике, и при переносе теряется вместе с клиентом.
И главное: классическое поведение POP3 — забрать письмо и удалить его с сервера. Большинство клиентов сегодня просят оставлять копию, но это настройка, а не свойство протокола.