Внутри Gmail письмо существует ровно в одном экземпляре, а ярлыки — это метки на нём. Письмо с тремя ярлыками — это одно письмо, показанное в трёх местах.
Протокол IMAP такого понятия не знает: в нём есть папки, и письмо лежит в папке. Чтобы показать ярлыки внешнему клиенту, Gmail выдаёт каждый ярлык как отдельную папку, а сверх того добавляет служебную папку «Вся почта», в которой лежит вообще всё.
Дальше арифметика простая. Любой инструмент переноса видит письмо в папке ярлыка и это же письмо во «Всей почте» — и копирует оба раза, потому что с точки зрения протокола это два разных письма в двух разных папках.